Eirik Stubø är utbildad vid Statens teaterhøgskoles regilinje, där han avslutade sin utbildning 1995. Samma år gjorde han sin regidebut med Oleanna av David Mamet. Efter examen knöts Stubø till Rogaland Teater, där han var teaterchef 1997–2000 men även regisserade ett flertal moderna dramatiker och absurdistiska klassiker. Han var därefter teaterchef på Nationaltheatret i Oslo 2000–2008, där han satte upp verk av bland andra Henrik Ibsen och Lars Norén. För sin uppsättning av Ibsens Vildanden, som också spelades i New York 2006, tilldelades han Off‑Broadway‑priset OBIE Award 2007 och senare både Heddaprisen och Kritikerpriset i Norge för Rosmersholm (2009). Efter tiden i Oslo har Stubø innehaft chefsbefattningar vid Kulturhuset stadsteatern och Dramaten i Stockholm, där han var chef 2015–2019. Sedan 2021 är Stubø en av husregissörerna på Det Norske Teatret i Oslo.