Annika Lindqvist började på Svenska Balettskolan i Stockholm vid tio års ålder. Efter avslutat gymnasium på samma skola fick hon stipendium för att fortsätta sina studier vid Pacific Northwest Ballet School i Seattle.
Under sina verksamma år som dansare kom Annika att dansa alla stora klassiska baletter men också verk av Kylian, Mats Ek, William Forsythe och Jo Strømgren. Annika har haft kontrakt på Kungliga Operan, Den Norske Opera & Ballett och Wiener Staatsoper. Under tio års tid hade Annika också kontrakt på GöteborgsOperan.
I dag arbetar Annika Lindqvist som biträdande regissör på GöteborgsOperan med uppsättningar som Wicked, Norma, Billy Budd och Hair. Hon står också som medregissör och koreograf till Pierrot lunaire och har även regisserat repriseringar av Madame Butterfly och The Telephone. I Herr Arnes penningar gjorde Annika koreografin och hon står som rörelseinstruktör för hela Nibelungens ring och Così fan tutte. Hon har även arbetat med uppsättningar som Oliver!, Notorious, Norma, Billy Budd och Hair.
Vidare har Annika Lindqvist regisserat Don Pasquale på GöteborgsOperans Lilla scen och på turné i regionen, och Jo Strømgrens Utkanten på Den Norska Opera og Ballett. Hon har också varit biträdande regissör på Göta Lejon i Rikard Bergqvists Elvis, Cash, The killer and me. Hösten 2021 koreograferade Annika Forever Piaf (regi Rikard Bergqvist) på Göta Lejon.
Våren-24 regisserar Annika Lindqvist Pierrot i ljuset av Bach på GöteborgsOperans Lilla scen och på turné i regionen, samt nypremiären av Viva la mamma på Stora scenen. Hon regisserar även uppsättningen Barnet och Spökerierna på Högskolan för scen och musik.