Susanna Stern studerade vid Operahögskolan i Stockholm, där hon tog examen 2009. Redan under studietiden debuterade hon på Folkoperan som Ännchen i Friskytten och sjöng Flaminia i Haydns Livet på månen på Drottningholms Slottsteater. Hon framträdde även i roller som Susanna i Figaros bröllop och Despina i Così fan tutte. Sommaren 2010 sjöng hon Zerlina i Don Giovanni på Drottningholm, en uppsättning som även sändes i SVT.
Stern debuterade vid Kungliga Operan 2011 som Amor i Mats Eks uppsättning av Orfeus och Eurydike och har sedan dess återkommit i flera roller där, bland andra Romilda i Xerxes, Norina i Don Pasquale, Nattens drottning i Trollflöjten, Grevinnan i Figaros bröllop, Musetta i La bohème, Freia i Rhenguldet, Gerhilde i Valkyrian samt titelrollen i Snödrottningen av Benjamin Staern.
Hon har gästat GöteborgsOperan som Donna Anna i Don Giovanni, Confidencen Opera & Music Festival som Ceres i Joseph Martin Kraus’ Proserpin samt Malmö Opera som Snödrottningen och som Helma i Hans Gefors opera Parken. Vid samma scen har hon även framträtt som Syster Constance i Poulencs Karmelitsystrarna, Frasquita i Carmen, Ilia i Idomeneo (i konsertversion), Julia i Romeo och Julia på turné, samt i uruppförandet av Philip Glass opera Cirkus Days and Nights i rollen som Julia Pastrana – en samproduktion mellan Malmö Opera och Cirkus Cirkör.
Bland andra uppdrag märks Donna Anna i Don Giovanni vid Norrlandsoperan, Zerlina i samma verk på Drottningholms Slottsteater, Kvinnan i BLY av Karólína Eiríksdóttir vid Piteå Kammaropera, Maria i Kreneks Diktatorn och La Grande Vestale i Spontinis Vestalen i produktioner med det fria operakompaniet Kamraterna, samt flera konsertproduktioner. På Folkoperan har hon medverkat i en iscensatt version av Haydns Skapelsen.
Som konsertsångerska har Susanna Stern framträtt i verk som Händels Messias, Haydns Skapelsen, Mozarts Requiem, Kröningsmässa, Exsultate, jubilate och c-mollmässa, Vivaldis Gloria samt Brahms Ein deutsches Requiem.
Susanna Stern tilldelades Jenny Lind-stipendiet 2008 och har även mottagit utmärkelser och stipendier från Kungliga Musikaliska Akademien, Drottningholmsteaterns Vänner och Anders Sandrews Stiftelse.