Håkan Mayer inledde sin danskarriär vid Kungliga Operans Balettelevskola 1971 och anställdes som kårdansare vid Kungliga Baletten nio år senare. År 1986 började han frilansa och arbetade med några av de mest framstående inom modern dans, däribland Per Jonsson, Kenneth Kvarnström och Birgit Cullberg. Parallellt utvecklade han en passion för historisk dans och arbetade med barock- och gustaviansk dans på Confidencen och Drottningholms Slottsteater. Under 1980-talet hade han även huvudroller i flera tv-sända baletter.
Som koreograf debuterade Håkan Mayer på Drottningholm med Himmelske Händel, i regi av Benny Fredriksson och med Anne Sofie von Otter och Barbara Bonney i huvudrollerna. Uppsättningen, med Reinhard Goebel som dirigent, blev en konstnärlig milstolpe för Mayer. Sedan dess har han koreograferat omkring 40 produktioner, främst opera men även teater och musikal. Han har arbetat vid samtliga svenska operahus och stadsteatrar samt internationellt på scener som Det Kongelige Teater, Národní divadlo, Stavovské Divadlo i Prag och Operafestivalen i Aix-en-Provence.
Sedan 2014 är Håkan Mayer verksam som dansutvecklare i Region Värmland.